黄河源头生态的恶化，对整个流域的生态产生了不可估量的影响。

河西走廊东西长1000多公里，南北宽几十至上百公里。总面积21.5万平方公里，占甘肃总面积的50％。由于位于黄河以西及它厚重的历史文化和富庶而得名。历史上这里是富庶之地，有丝绸之路，民族的融合。

然而，近年来，每到春天，一场场铺天盖地的黄沙自甘肃河西走廊腾空而起，从西北到东南，几乎席卷大半个中国。这个历史上的富庶之地在风沙的危胁下处处可见废弃的村庄，撂荒的耕地，成片成片枯死的林木。成了沙逼人走，生态失衡的“难民区”。生态专家在考察河西走廊后认为，这里不仅是我国风沙东移南下的大通道，而且还是我国北方主要沙尘天气的策源地之一。

河西走廊北部的腾格里沙漠、巴丹吉林沙漠正在加快向南侵移的步伐；建于１９５８年的民勤红崖山水库位于河西走廊东北部的石羊河下游，在腾格里沙漠南缘。两大沙漠不断收缩包围圈，红崖山水库遭受着风沙入侵的严重危害。 由于近年持续干旱，库区周围大片的林木和草场死亡、枯萎，沙漠前沿的地表也变得疏松，流沙开始向水库推进。现在，巴丹吉林、腾格里两大沙漠离水库不过一公里，最近的只有几十米。

2004年６月，石羊河断流红崖山水库出现了建库以来的首次干涸。
石羊河流域是扼守河西走廊的门户。位于石羊河下游的民勤绿洲一直是阻止腾格里与巴丹吉林两大沙漠汇合的重要屏障。近年来，石羊河多次断流，流域水资源缺乏，人们大量开采地下水源，地下水超采严重，石羊河流域下游民勤盆地地下水位下降了 10 米左右，导致大量地表植被特别是沙生植物因地面焦渴而死亡。因此该地区土地荒漠化加剧，沙尘暴现象骤增。

南北祁连山水源涵养带也因干旱加剧了雪线升高；近年来，祁连山冰川融水比上个世纪 70 年代减少了大约 10 亿立方米。冰川局部地区的雪线正以年均 2～6.5 米的速度上升。石羊河、黑河都发源于祁连山。起源于青海祁连山的黑河全长 821 公里，由南向北，流经甘肃省河西走廊的张掖市、临泽县、高台县等 6 个县市，最后注入内蒙古额济纳旗。然而，位于黑河末端的居延海由于中游地区大量截流扩灌，来水量逐年减少，东、西居延海分别于 1992 年和 1961 年干涸。随着居延海水域的消失，额济纳绿洲急剧萎缩，沙尘暴频繁发生，致使额济纳旗生态环境急剧恶化，成为中国沙尘暴三大源区之一。

中部绿洲地带则随着人类活动的加剧，水资源越来越少，耕地大片大片的沙化，呈现出沙进人退的态势。黑河是中国西部的第二大内陆河，干流全长821公里，流域总面积约14.2万平方公里。甘肃省张掖、酒泉地区和内蒙古额济纳旗的250万亩耕地全靠黑河水浇灌。

黑河源头地区草原鼠害成灾，沙化面积达180多万亩，祁连县境内的森林面积减少16%，黑河源头水量下降。黑河上中游水坝截流量猛增，导致下游来水量锐减。资料显示，从上世纪 60 年代至今，黑河流入额济纳旗的水量已由每年 10 多亿立方米减至 2 亿立方米左右，而东、西居延海分别于 1961 年、1992 年相继干涸。梭梭林在最近 50 多年间由 113 万公顷减少到 38 万公顷，额济纳旗胡杨林也由 5 万公顷减至 2.6 万公顷。严重退化的草场面积已达 330 多万公顷，草本植物由 200 种减至 80 余种。1982年黑河开始出现断流。

从1949年起在这之后的20年中，西北地区先后搞了3次大规模的毁林开荒，破坏草地667万公顷，毁林18.7万公顷。到上个世纪的90年代末，甘肃全省水土流失面积38.9万平方公里，占总面积的85.6％。
据统计，目前河西地区沙漠化面积正在以每年1.2万平方公里的速度扩张，沙漠化面积比1949年增加了78.9万亩。8.7 万平方公里草原面积中，80％严重退化。昔日民勤、金塔、武威等走廊上的“明珠”，如今成了有风就起尘的主要策源地。据从卫星拍摄的沙尘暴路线图看，近十年西北发生的沙尘暴几乎都沿河西走廊向华北及长江中下游逼近。

1993年5月出现了历史上罕见的沙尘暴，侵袭河西110多平方公里。这场沙尘暴是中国北方发生自1927年以来最强的一次特大沙尘暴，波及新疆、甘肃、 内蒙古等4省区，风力最高达到10级，瞬间最大风力达到 12级，风沙形成的沙尘暴壁高达300多米。在这场沙尘暴中，4省区死亡85人、失踪31人，受灾农作物560万亩，死亡和丢失牲畜12万头。2001年 3-4月份甘肃省中西部就出现9次沙尘暴和4次扬尘天气，大气总悬浮颗粒物超标高达4.1─141.9倍。