公元575年，即陈宣宗太建七年，高僧智顗带着慧辩等二十余名僧人来到天台山。据说，在来之前，智顗曾梦见一处岩崖万重、云日半垂，沧海无边之地；在山上，一个僧人向他招手，还挽着自己上山。智顗将梦中所见告诉了弟子，弟子说，这是会稽的天台山。于是智顗决定带弟子去天台山修炼。来到天台山后，智顗选择了北佛垄山南螺溪之源修行，并结茅成庵，遍植松柏。

智顗来到天台山后，每年夏天都要讲法。当时信佛的陈宣宗对智顗也十分礼敬，为智顗在天台山上建造了寺院，名为“修禅寺”。当地县令袁子雄，崇信佛法。一次，正听智顗讲法时，忽见三道宝梯，从空而降，有数十天竺僧人乘阶而下，入堂礼拜，并手擎香炉绕着智顗转了三圈，过了很久才消失。

智顗在修禅寺坐禅修行约十年后，在陈后主的恳请下，下山到金陵讲经说法。后在隋开皇十五年(595年)回到天台山，但此时的修禅寺已荒废许久了。智顗决意要在天台山另建佛刹，并说：“寺若成，国即清，当呼国清寺。”但心愿还没有实现他就圆寂了，其弟子灌顶秉承智顗遗愿，在开皇十八年(598年)开始建寺。寺成后，初名天台山寺，后在大业元年正式更名为“国清寺”。隋皇杨广赐匾额。灌顶为国清寺第一任住持。灌顶继承了由智顗开创的天台宗，并继续发扬光大。

国清寺建立后，也经历了兴衰起伏。唐会昌五年(845年)灭佛时，寺中的僧人都被迫还俗，殿堂皆毁。大中五年(851年)至咸通五年(864年)间，国清寺重建，开始了新的发展。宋景德二年(1005年)改名为“景德国清寺”。元朝时曾经衰废，明洪武十七年又毁于大风。隆庆四年(1570年)重建大殿，后又被毁。万历二十五年(1597年)又重建。清雍正十一年(1733年)八月至十三年八月间又重建，后又有增修。文革期间，国清寺中的佛像被砸，法器、石狮被毁坏殆尽。1973年重新整修。

国清寺历代高僧倍出，知名的除了灌顶外，还有一行、寒山、拾得、丰干等。

国清寺坐北朝南，总面积约为73,000平方米，目前尚存清代重建的殿宇14座，由数十个大小不同、风格各异的院落和建筑群组成。寺内建筑分布于五条轴线上，寺院周围还有丰干桥、寒拾亭、七佛塔、一行墓及隋塔等建筑。

国清寺山门一反常规，朝东开而不朝南开。寺门檐下横匾是红底金字“国清讲寺”，左右楹联分别为：古刹著城中创六代盛三唐宗风远播，名山传海外倚五峰临三涧胜迹长新。

進入山门，沿中轴线首先進入的就是弥勒殿(山门殿)。進弥勒殿，国清奇观“到眼宛如展画屏”，这就是国清寺匠心独运的建筑布局的“起、承、转、合”。面宽三间的大殿内供奉的是弥勒菩萨像，其身后是恭敬站立的韦驮菩萨像，左右是两大金刚。

弥勒殿后是天王殿，天王殿后是大雄宝殿，殿内正中的莲花宝座上端坐着释迦佛铜像，高6.8米，重13吨，为明代所铸。两侧是阿难、伽叶二弟子。在左右两壁上，是元代楠木雕成的十八罗汉，后壁左右两旁分坐着文殊、普贤二菩萨；后背正中是南海观音像。大雄宝殿后是后来新建的观音殿以及锡杖泉。锡杖泉旁立有一块石碑，上书“锡杖泉”三个字，并有碑文记载：“宋僧普明坐禅于此，因寺内取水不便，以锡杖顿地曰：‘此处当有泉！’水即涌出，故名。”

东侧第一条轴线的殿堂依次是：客堂、聚贤堂(即斋堂)、说法台(即方丈楼)和迎塔楼。第二条轴线上的殿堂依次有厨房、大彻堂、修竹轩。西侧第一条轴线上的殿堂是：鱼乐园、安养堂、三圣殿、鹅字碑、妙法堂等。其中鹅字碑右半边是书法家王羲之的真迹，左半边是天台人曹抡选补写的。据传，曹抡选发现这半块鹅字碑后，便认出是王羲之的手笔，因此决心补全这个残碑。他日夜临摹王羲之的碑贴，整整练了七年，终于补上了这个残缺的半边，达到了以假乱真的程度。而西侧第二条轴线上的殿堂依次有：伽蓝殿、玉佛堂。

国清寺建筑最大的特点是集中了中国古代建筑中各种廊沿形式，其近2000米廊沿贯穿全寺，通道廊沿有挑檐廊、连檐柱廊、重檐柱廓、双层柱廊、单层柱廊、双层双檐廊等。高低错落，明暗相间，颇具特色。

出了国清寺，在寺东南的山坡上，有一座隋朝建立的隋塔。塔高59.3米，六面九级，空心，四周砖壁上雕有佛像，栩栩如生，极为精美。塔的西北坡下是高僧一行墓。此外，寺周围还有为为纪念寺僧寒山、拾得而建的寒拾亭，为纪念唐高僧丰干而建的丰干桥。

处于世外桃源环境中的国清寺，在今天依然以其清幽深邃吸引着有缘之人。